Gründungszeit
Die Geschichte der Germania beginnt mit der Gründung der Burschenschaft am 8. September 1843 in Königsberg. Die Gründung erfolgte durch acht Studenten als burschenschaftliches »Kränzchen Germania« innerhalb der Allgemeinen Burschenverbindung Albertina. Wahlspruch und Zirkel der Germania sind bis heute unverändert geblieben.
Am 9. Februar 1845 scheidet Germania aus der Albertina aus, nimmt am 23. Februar eigene Statuten an und konstituiert sich als selbständige Burschenschaft.
In der Zeit zwischen Frühjahr 1848 und Sommer 1851 werden aus Solidarität mit der Deutschen Revolution die urburschenschaftlichen Farben schwarz-rot-gold geführt. In den 1850ern nimmt die Zahl der aktiven Mitglieder stark zu. Darum wird von acht ausgetretenen Germanen am 22. November 1854 die Burschenschaft Gothia (heute in Göttingen) gegründet. Im Sommersemester 1858 sind von 393 Studenten der Königsberger Universität 35 Mitglied bei Germania
Etablierung
Am 12. November 1874 beteiligt sich Germania an der Gründung des Eisenacher Deputierten-Convents, tritt aber schon im Juni 1880 aufgrund der dauernden verbandsinternen Streitigkeiten wieder aus. Im Sommersemester 1885 tritt Germania dem vier Jahre zuvor gegründeten Allgemeinen Deputierten-Convent (ab 1902: Deutsche Burschenschaft) als vollberechtigtes Mitglied ohne Probezeit bei. Sie vertritt im Verband einen streng korporativen, konservativen Standpunkt. Im Jahr 1908 ist Germania Mitbegründerin der »Weißen Richtung« in der DB, aus der 1919 der Weiße Kreis hervorgeht.
Im April 1909 erwirbt Germania ihr erstes Verbindungshaus in der III. Fließstraße 32. Am 2. Juli 1928 zieht Germania in das zweite Verbindungshaus in der Herzog-Albrecht-Allee 15 im Königsberger Stadtteil Maraunenhof um.
Am 2. März 1929 erfolgt die Aufnahme in das Altweiße Kartell (AWK); Mitglieder sind außer Germania Königsberg die Burschenschaften Frankonia Bonn, Dresdensia Leipzig, Rugia Greifswald, Alemannia Gießen und später Germania Straßburg (damals zu Frankfurt, heute in Tübingen).
Zeit des „Dritten Reichs“
Im Wintersemester 1934/35 tritt Germania aus Protest gegen die von den Nationalsozialisten vereinnahmte Verbandspolitik aus der Deutschen Burschenschaft aus und der Alten Burschenschaft bei, die sich aber schon am 15. Oktober 1935 unter dem Druck der politischen Verhältnisse auflösen muß.
Am 30. Oktober 1936 suspendiert Germania aufgrund der politischen Umstände. Germania hatte es stets abgelehnt, sich in eine Kameradschaft des NS-Studentenbundes umzuwandeln bzw. eine solche Kameradschaft zu unterstützen.
Im Oktober 1938 wird auch das Verbindungshaus in Maraunenhof verkauft, um einer Enteignung auf Initiative des NSDStB zu entgehen. Der Altherrenverband mietet eine Wohnung in der Münzstraße 10 an, in der sich die Germanen bis zur Zerstörung des Hauses im August 1944 durch britische Luftangriffe regelmäßig treffen. Bei diesem Bombenangriff geht das Mobiliar und das Archiv der Germania verloren. Das alte Verbindungshaus übersteht den Krieg weitgehend unbeschädigt und beherbergt heute einen Kindergarten.
Geschichte der Germania: Unser Neubeginn in Hamburg
Nach der Zerstörung Königsbergs rekonstituiert sich Germania Königsberg am 8. März 1950 in Hamburg und tritt dem Hamburger Waffenring (HWR) bei. Am 15. Juni beteiligt sie sich an der Wiedergründung der Deutschen Burschenschaft und übernimmt am 4. November die Altherrenschaft der vertagten Burschenschaft Askania Hamburg (gegründet 1920 als Wehrschaft). Die ehemaligen Askanen tragen ihr Band zusätzlich zum Germanencouleur. Im Februar 1954 kauft Germania ihr heutiges Verbindungshaus in der Heimhuder Straße 34 im Stadtteil Rotherbaum.
1961 zerfällt der Weiße Kreis über der Frage der Aufnahme österreichischer Burschenschaften in die Deutsche Burschenschaft (DB). Am 15. Februar 1963 löst sich aufgrund von Meinungsverschiedenheiten in Mensurfragen auch das Altweiße Kartell auf. Das AWK bildet sich auf dem Burschentag 1963 ohne Beteiligung Germanias neu, löst sich aber kurze Zeit später erneut auf.
Im Juni 1965 ist Germania Gründungsmitglied des »Ringes Weißer Burschenschaften« (RWB). Der RWB entsteht auf dem Burschentag in Berlin durch acht ehemalige Mitgliedsburschenschaften des Weißen Kreises: Germania Königsberg zu Hamburg, Germania Berlin, Cimbria Berlin (beide später fusioniert zu Brandenburgia Dortmund), Frankonia Bonn, Alemannia Göttingen, Cimbria Würzburg, Alemannia Marburg und Franconia Freiburg. Der RWB besteht heute (2009) neben Germania aus den Burschenschaften Frankonia Bonn, Normannia Leipzig (seit 1994), Normannia Leipzig zu Marburg (seit 1973) und Obotritia Rostock (seit 2004).
Am 9. September 1972 vertagt die Aktivitas aufgrund von Mangel an geeignetem Nachwuchs infolge des Wertewandels in der Studentenschaft der 60er Jahre, kann aber schon zum Wintersemester 1978/79 wiedereröffnet werden. Seit der Wiedereröffnung der Aktivitas werden neben Studenten der Universität Hamburg auch Studenten der zwischenzeitlich gegründeten Technischen Universität Harburg und der Universität der Bundeswehr als Mitglieder aufgenommen.
Im Oktober 1981 wird Germania wegen der Aufnahme von Wehrdienstverweigerern aus der DB ausgeschlossen, bereits zum Burschentag 1983 aber wieder aufgenommen, nachdem alle betroffenen Bundesbrüder ihre Verweigerung widerrufen oder die Burschenschaft verlassen hatten.
2006 wird ein Freundschaftsvertrag mit der Bonner Burschenschaft Frankonia geschlossen.